Je presihajoča reka - pozimi in ob močnih deževjih poplavlja, v sušnem obdobju pa pogosto presahne. Na svoji poti razkriva flišne plasti, ustvarja flišne profile ter dolbe spodmole in tolmune. Reka in pritoki so zanimivi predvsem od jeseni do pomladi, ko je v strugah več vode. Nekdaj so bili tu številni mlini, ki so danes večinoma ruševine. Obnovljena sta Mazurinov in Kodarinov mlin.
Struga in bregovi reke Dragonje in pritokov so bili med leti 2001 in 2006 začasno zavarovani z odlokom Mestne občine Koper.
Ožje območje porečja reke Dragonje, vključno s širšim območjem pritokov Vanganelskega jezera, v flišnem gričevju Slovenske Istre, z značilnimi habitatnimi tipi, predvsem toploljubnimi hrastovimi gozdovi, ponekod gozdovi s črničevjem, sestoji brina in travišči, na Steni in Sv. Štefanu pa tudi s karbonatnimi skalnimi pobočji z vegetacijo skalnih razpok. V zgornjih dveh tretjinah svojega toka je Dragonja zarezala strugo v prodne nanose flišnega izvora. Rečna struga pogosto meandrira ter se mestoma razširi in oblikuje obrežna prodišča in ponekod tudi rečne prodne otoke. Porečje Dragonje je pomemben življenjski prostor številnih redkih in ogroženih vrst, med katerimi velja posebej omeniti jadransko smrdljivo kukavico, progastega goža in močvirsko sklednico, primorskega koščaka in ribo grbo, laško žabo in hrastovega kozlička.
Vir: https://www.naravovarstveni-atlas.si/web/profile.aspx?id=N2K@ZRSVNJ
